هي حالات يهاجم فيها جهاز المناعة خلايا الجسم السليمة بالخطأ. أشهرها في الجهاز الهضمي: "مرض كرون" و"التهاب القولون التقرحي"، وفي الكبد: "التهاب الكبد المناعي" و"التهاب القنوات المرارية الأولي".

تختلف الأعراض، لكن أبرزها: ألم مزمن بالبطن، إسهال مستمر (قد يصاحبه دم)، إرهاق شديد وفقدان للوزن. وفي حالة إصابة الكبد يظهر اصفرار في الجلد والعينين (اليرقان) وحكة مستمرة.

يعتمد التشخيص على تحاليل الدم (للبحث عن أجسام مضادة معينة ومؤشرات الالتهاب)، وتحاليل البراز، والأهم هو إجراء المناظير (كمنظار القولون أو المعدة) لأخذ عينات من الأنسجة، أو أخذ خزعة من الكبد.

الأمراض المناعية مزمنة ولا يوجد لها شفاء نهائي حتى الآن، ولكن الهدف من العلاج هو الوصول لحالة "الكمون" أو السيطرة التامة على نشاط المرض، مما يتيح للمريض ممارسة حياته بشكل طبيعي تماماً وبدون أعراض.

يبدأ العلاج بمثبطات المناعة ومضادات الالتهاب لتهدئة الهجوم المناعي. وتعتبر "الأدوية البيولوجية" الحديثة طفرة في العلاج، حيث تستهدف بروتينات معينة في جهاز المناعة بدقة وفعالية عالية لوقف نشاط المرض بأمان.